Η νόσος του συριγγίου διαγιγνώσκεται συνήθως από έναν πρωκτολόγο μετά από ακρόαση των παραπόνων του ασθενούς και φυσική εξέταση. Εάν είναι απαραίτητο, μπορούν επίσης να εφαρμοστούν ορισμένες πρόσθετες διαγνωστικές μέθοδοι. Για παράδειγμα, κολονοσκόπηση, σιγμοειδοσκόπηση, συριγγογράφημα ή ενδοσκόπηση. Στις περισσότερες περιπτώσεις, η πιθανότητα σχηματισμού συριγγίου καθορίζεται από λεπτομερή εξέταση της ορθικής περιοχής ασθενών με παράπονα φλεγμονής.
Μια ανώδυνη εξέταση μπορεί να γίνει με μια διαγνωστική τεχνική συριγγίου που ονομάζεται δοκιμή μπλε χρωστικής (μεθυλενο μπλε). Επιπλέον, μία από τις πιο συχνά χρησιμοποιούμενες μεθόδους είναι η λεπτομερής ανωσκοπική εξέταση. Μια διαδικασία που ονομάζεται ορθοσκόπηση πραγματοποιείται με τη χρήση ενδοσκοπικής συσκευής και επιτρέπει τη διάγνωση άλλων πρωκτικών παθήσεων, όπως αιμορροΐδες και ραγάδες, μαζί με το συρίγγιο, εάν υπάρχει. Μια πιο λεπτομερής εξέταση μπορεί επίσης να πραγματοποιηθεί με τη χρήση συσκευής σιγμοειδοσκόπησης. Χάρη στη συσκευή κολονοσκόπησης, εκτός από τη νόσο του συριγγίου, μπορούν να διαγνωσθούν και παθήσεις του ορθού, όπως η νόσος του Crohn, που μπορεί να είναι η κύρια αιτία των συμπτωμάτων. Χρησιμοποιώντας μια τεχνική που ονομάζεται συριγγογραφία, ένα μπλε υγρό εγχύεται μέσω του εξωτερικού συριγγίου, το οποίο επιτρέπει τον εντοπισμό των συριγγίων που έχουν προχωρήσει προς τα μέσα.