Fistulu obično dijagnostikuje proktolog nakon saslušanja pacijentovih tegoba i fizičkog pregleda. Ako je potrebno, mogu se primeniti i neke dodatne dijagnostičke metode. Na primer, kolonoskopija, sigmoidoskopija, fistulogram ili endoskopija. U većini slučajeva, mogućnost formiranja fistule utvrđuje se detaljnim pregledom rektalnog područja pacijenata sa tegobama na upalu.
Bezbolan pregled može se obaviti tehnikom dijagnostike fistule koja se naziva test plavom bojom (metilen plavo). Pored toga, jedna od najčešće korišćenih metoda je detaljan anoskopski pregled. Postupak koji se naziva rektoskopija izvodi se pomoću endoskopskog uređaja i omogućava da se, uz fistulu, dijagnostikuju i druge analne bolesti, poput hemoroida i fisura. Detaljniji pregled se takođe može izvršiti pomoću sigmoidoskopskog aparata. Zahvaljujući kolonoskopskom uređaju, pored fistule, mogu se dijagnostikovati i rektalne bolesti poput Kronove bolesti, koje mogu biti glavni uzrok simptoma. Koristeći tehniku koja se zove fistulografija, plava tečnost se ubrizgava kroz spoljašnji fistulni otvor, što vam omogućava da identifikujete fistulne kanale koji su se probili ka unutra.